DNA’nın Yapısı ve Replikasyon
Özet
Bölümde, canlıların kalıtım materyali temel biyomolekül olan DNA’nın yapısını, işlevini ve biyolojik önemini ayrıntılı biçimde ele alınmaktadır. DNA tanımına ilişkin genel kavramlar açıklanırken; DNA’nın tanımı yapılarak çift sarmal modeli çerçevesinde fiziksel ve kimyasal özellikleri tanımlanmıştır. Nükleotid bileşenleri, DNA’yı oluşturan unsurlar arası bağlar ile baz eşleşmesi prensipleri detaylandırılmıştır. Ayrıca DNA’nın farklı konformasyonları (A, B ve Z formları) yapısal dinamikleriyle birlikte incelenmiş, hücresel işlevler üzerindeki etkileri tartışılmıştır. DNA’nın yanı sıra RNA’nın yapısı, biyokimyasal özellikleri ve DNA’dan farklılıkları açıklanarak; mRNA, tRNA ve rRNA gibi alt türleri ile işlevsel rolleri analiz edilmiştir. DNA replikasyon modelinin (yarı-korunumlu) ortaya konulması, ilgili çalışma kapsamında irdelenirken; prokaryot ve ökaryot hücrelerde DNA replikasyonunun moleküler mekanizması; replikasyon orijinleri, helikaz, topoizomeraz, DNA polimerazlar ve ligaz gibi temel enzimlerin işlevleri detaylı olarak incelenmiştir. Ayrıca bölümde; DNA bütünlüğünün sürdürülmesinde kritik rol oynayan tamir ve onarım yollarına (nükleotid eksizyon, baz eksizyon ve yanlış eşleşme onarımları gibi) yer verilmekte; mutagenez ve bu mekanizmaların genom kararlılığı açısından önemi vurgulanmaktadır. Mitokondriyal DNA (mtDNA) yapısı ve özellikleri, genomik DNA ile benzerlik ve farklılıkları kapsamlı biçimde sunulmuştur. Bu kapsamıyla bölüm, moleküler biyolojide DNA’nın merkezi konumunu derinlemesine ortaya koymaktadır.
Referanslar
Linus Paulin fotoğraf. (24.08.2024 tarihinde https://www.britannica.com/biography/Linus-Pauling. adresinden ulaşılmıştır.)
Pauling, Linus. Interview by John L. Greenberg. Palo Alto, California, May 10, 1984. Oral History Project, California Institute of Technology Archives. Retrieved [supply date of retrieval] from the World Wide Web: http://resolver.caltech.edu/CaltechOH:OH_Pauling_L
Rosalind Franklin ve DNA'nın X-ışını difraksiyon görüntüsü Britannica, The Editors of Encyclopaedia. Rosalind Franklin. Encyclopedia Britannica. (23.08.2024 tarihinde https://www.britannica.com/biography/Rosalind-Franklin. adresinden ulaşılmıştır.)
Thompson J, Braun G, Tierney D, et al. Rosalind Franklin's X-ray photo of DNA as an undergraduate optical diffraction experiment. American Journal of Physics; 2018; 86(2): 95–104. doi:10.1119/1.5020051.
James Dewey Watson biyografisi. (24.08.2024 tarihinde https://www.britannica.com/biography/James-Dewey-Watson#/media/1/637603/232727. adresinden ulaşılmıştır.)
Francis Crick biyografisi. (24.08.2024 tarihinde https://en.wikipedia.org/wiki/Francis_Crick.adresinden ulaşılmıştır.)
Karataş, M. Moleküler biyoloji – Genişletilmiş 2. Basım. Ankara: Nobel Akademik Yayıncılık Eğitim Danışmanlık; 2014. p. 97-159.
Copper GM, Hausman RE. Hücre Moleküler Yaklaşım (7. Baskı). Çeviri Edt: Neşe Atabey, Ersan Kalay, Meral Sakızlı. İzmir: İzmir Tıp Kitapevi; 2011. p. 217-258.
Nükleotidin yapısı. (25.07.2024 tarihinde https://passel2.unl.edu/view/lesson/6f214d098527/3’den adresinden ulaşılarak uyarlanmıştır.)
Odabaşı F. Veteriner Genetik. Ankara: Lazerofset; 2012. p. 50-60.
Travers A, Muskhelishvili G. DNA structure and function. The FEBSJournal;2015;282(12):2279–2295. doi:10.1111/febs.13307.
Klug WS, Cummings MR, Spencer CA, et al. Genetik Kavramlar. Çeviri Edt: Cihan Öner. Ankara: Palme Yayıncılık; 2011. p. 231-279.
Akyüz B, Yakan A., Kul BÇ, et al.Veteriner Genetik. Ankara: Nobel Tıp Kitapevleri; 2021. p. 67-100.
DNA’nın fiziksel yapısı. (13.09.2024 tarihinde https://aacmanchar.edu.in/zel_teacher/uploads/e_contents/237_20221113025330.pdf adresinden ulaşılarak uyarlanmıştır.)
Topaktaş M. Genetik: Nükleik asitler. Ankara: Nobel Akademik Yayıncılık; 2014. p. 23-37.
Fletcher H, Hickey I. Genetik- Dördüncü basımdan çeviri. Çeviri Ed: Hasan Acar. Ankara: Akademik Yayıncılık; Ankara, 2015.p.1-8.
Ussery DW. DNA Structure: A-, B- and Z-DNA Helix Families. First published: 16 May 2002. doi:10.1038/npg.els.0003122.
Vilela HG, Raiol T, Maranhão AQ, et al. A Bioconductor Based Workflow for Z-DNA Region Detection and Biological Inference. In: de Souto, M.C., Kann, M.G. (eds) Advances in Bioinformatics and Computational Biology. BSB 2012. Lecture Notes in Computer Science, Springer, Berlin, Heidelberg. 2012. 7409:73-83. doi:10.1007/978-3-642-31927-3_7.
Farklı DNA tipleri. (13.09.2024 tarihinde (https://aacmanchar.edu.in/zel_teacher/uploads/e_contents/237_20221113025330.pdf adresinden ulaşılarak uyarlanmıştır.)
DNA ve RNA arasındaki farklar. (13.09.2024 tarihinde https://commons.wikimedia.org/wiki/File:Difference_DNA_RNA-DE.svg adresinden ulaşılarak uyarlanmıştır.)
Meselsen ve Stahl deney düzeneği ve elde edilen bantlar. (15.09.2024 tarihinde https://ncdnadayblog.org/2021/10/15/the-most-beautiful-experiment-in-biology/ adresinden ulaşılarak uyarlanmıştır.)
Prokaryotlarda halkasal DNA’nın replike olması. (15.09.2024 tarihinde https://study.com/skill/practice/comparing-and-contrasting-dna-replication-in-eukaryotes-prokaryotes-questions.html adresinden ulaşılarak uyarlanmıştır.)
Ökaryotlarda DNA replikasyonu ve görevli moleküller. (18.09.2024 tarihinde https://commons.wikimedia.org/wiki/File:DNA_Replication_in_prokaryotes.png#Licensing adresinden ulaşılarak uyarlanmıştır.)
Kurtoğlu EL, Tekedereli İ. DNA onarım mekanizmaları. Balıkesir Sağlık Bilimleri Dergisi; 2015; 4(3), 169-177.
Özdemir M, Doğru Ü. Genetik karakterizasyonda mitokondriyal DNA kullanımı. Atatürk Üniversitesi Ziraat Fakültesi Dergisi; 2011; 38(1): 105-111.
Soroglu CV, Berkay EG, Vural B. Mitochondrial DNA, maternal inheritance and human. Sağlık Bilimlerinde İleri Araştırmalar Dergisi; 2021; 4(2): 65-74. doi:10.26650/JARHS2021-783621.
Jedynak-Slyvka M, Jabczynska A, Szczesny RJ. Human mitochondrial RNA processing and modifications: Overview. International Journal of Molecular Sciences; 2021; 22(15): 7999. doi:10.3390/ijms22157999.
