İnsan Mikrobiyomu
Özet
İnsan vücudunda yaşayan mikroorganizmalar topluluğu olan insan mikrobiyomu, her insan için özel bir içeriğe sahip olmakla birlikte genel olarak içerdiği mikroorganizmalar açısından geniş kapsamlı, uzun süreli projeler ve gelişmeye devam eden yeni teknolojilerle ortaya konmuştur. İnsan Genomu Projesinin sonuçları 2004 yılında yayımlandıktan sonra, Amerika Birleşik Devletleri İnsan Mikrobiyom Projesini, Avrupa Birliği de Meta-HIT Projesini başlatmıştır. Bu projeler ile elde edilen veriler bugünkü bilgilerimizin temelini oluşturmuştur. İnsan mikrobiyomu tespitinde Yeni Nesil Sekans teknolojisiyle 16S rRNA gen dizileme ve metagenomik shotgun dizileme olmak üzere iki temel yöntem kullanılmaktadır. Zamanla bunlara omik teknolojileri de eklenmiştir. Özellikle bağırsak mikrobiyomunun çok kompleks bir yapıya sahip olduğu, binlerce tür bakteri içerdiği anlaşıldıktan sonra taksonomi önem kazanmış, bağırsak mikrobiyomu hakkında filum düzeyinde, vajen mikrobiyomu hakkında tür düzeyinde içerik analizi yapılır hale gelinmiştir. Bağırsak mikrobiyomu sindirimde, bağışıklık sisteminin gelişiminde ve enfeksiyonlardan korumada önemli fonksiyonlara sahiptir. Bununla birlikte, mikrobiyomun ilaç metabolizması ve akıl sağlığı üzerindeki etkileri de tam anlaşılmış değildir. Ayrıca, mikrobiyomdaki mantarlar, protozoonlar ve virüsler bakterilere göre daha az çalışılmış durumdadır.
Referanslar
Neu AT, Allen EE, Roy K. Defining and quantifying the core microbiome: Challenges and prospects. PNAS; 2021; 118( 51) e2104429118 https://doi.org/10.1073/pnas.2104429118/-/DCSupplemental
Hong SH, Bunge J, Jeon SO, Epstein, SS. Predicting microbial species richness. PNAS; 2006; 103 (1):117–122 www.pnas.orgcgidoi10.1073pnas.0507245102
Wernroth ML, Peura S, Hedman AM. Development of gut microbiota during the first 2 years of life. Sci Rep; 2022; 12: 9080 https://doi.org/10.1038/s41598-022-13009-3
Zheng D, Liwinski T, Elinav E. Interaction between microbiota and immunity in health and disease. Cell Research 2020;30;(6): 492–506. Springer Nature. https://doi.org/10.1038/s41422-020-0332-7
https://www.genome.gov/human-genome-project (10.08.2024 tarihinde ulaşılmıştır)
https://www.hmpdacc.org(10.08.2024 (10.06.2024 tarihinde ulaşılmıştır)
http://www.metahit.eu (10.06.2024 tarihinde ulaşılmıştır)
Satam H, Joshi K, Mangrolia U, Waghoo S, Zaidi G, Rawool S, Thakare RP, Banday S, Mishra AK, Das G, Malonia SK . Next-Generation Sequencing Technology: Current Trends and Advancements. Biology 2023;12(7). Multidisciplinary Digital Publishing Institute (MDPI). https://doi.org/10.3390/biology12070997
Abellan-Schneyder I, Matchado MS, Reitmeier S, Sommer A, Sewald Z, Baumbach J, List M, Neuhaus K. Primer, Pipelines, Parameters: Issues in 16S rRNA Gene Sequencing. MSphere 2021; 6(1). https://doi.org/10.1128/msphere.01202-20
de Vos WM, Tilg H, van Hul M, Cani PD. Gut microbiome and health: mechanistic insights. Gut 2022;71(5);1020–1032. https://doi.org/10.1136/gutjnl-2021-326789
Saraf VS, Sheikh SA, Ahmad A, Gillevet PM, Bokhari H, Javed S. Vaginal microbiome: normalcy vs dysbiosis. Archives of Microbiology 2021; 203(7); 3793–3802. https://doi.org/10.1007/s00203-021-02414-3
